有機動物養殖成為飼料基地種植或放牧場所的有機管理手段之一，有機動物為作物除草和滅蟲，如稻田養鴨、稻蟹共作、果林養雞等。養殖規模往往會受到飼料供應能力的限制，養殖者不應為了追求利益最大化，而一味擴大養殖規模，必須以飼料供應能力確定規模。
有機標準鼓勵養殖場使用本養殖場有機飼料基地和本地區有機農場生產的飼料。
第一在飼料生產中更具有可控性，保證飼料的質量、質量和品種，降低飼料的生產成本（運輸成本等）；
第二可以減少長距離運輸環節，降低有機飼料生產能耗，更符合有機農業的理念；
第三養殖場產生的糞便、墊料等廢棄物有足夠的土地可以消納。
對于在不可預知的情況下出現的飼料短缺問題，可以使用常規飼料，但是必須經過認證機構許可且比例符合標準規定。養殖者常常誤認為常規飼料可以無條件使用，而忽視許可條款，在理念上與有機養殖背道而馳。
有機產品標準從動物天性出發，對于日糧中精粗飼料比例進行詳細的規定，特別是對草食動物，雜食動物雖然無具體要求，但也必須每天飼喂粗飼料、青干草或青貯飼料。這可能會降低動物的生產性能。如果條件允許的話，養殖者可以采取放牧的模式，有效解決粗飼料來源的問題，同時在放牧中也能有效補充礦物質和微量元素。
對于飼料添加劑，養殖者往往認為不能添加任何飼料添加劑，這是一種誤解。雖然很多飼料添加劑均在有機產品標準禁止使用范圍，但天然來源的礦物質和維生素（來源于動物的添加劑必須符合有機產品標準）允許使用。歐盟和加拿大標準規定在無法獲得天然來源維生素和礦物質或天然來源維生素和礦物質無法滿足動物自身需求的情況下允許使用常規來源的維生素和礦物質。中國有機產品標準在修改后，也進行了維生素和礦物質來源的限制。
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